决定冻土层厚度的主要因素是外界气温(或者冻土年平均地温)和地下热流。外界气温受海拔和纬度的控制，冻土厚度具有与冻土年平均地温一致的变化趋势。目前，祁连山地区已经查明的最大冻土厚度为139.3 m，位于洪水坝盆地山麓丘陵带，海拔4 033 m，纬度约为39°10′N左右。据前人资料，木里盆地多年冻土层平均厚度80 m左右，海拔约在4 000 m，纬度38°08′N；热水盆地海拔约为3 600 m,纬度37°35′N，冻土层平均厚度不超过20 m，最大30 m(山顶除外)。祁连山多年冻土厚度与海拔的关系，具有指数增长关系，祁连山区岛状冻土区多年冻土厚度一般为25—35m，个别地段为3—13m。位于希格尔曲河谷阴坡地段的3个冻土岛中多年冻土层厚度(如图所示)，均不超过13 m，但是也显示出冻土厚度随海拔升高而增加的趋势。祁连山属新构造运动的产物，应该具有较一般平原地区高的地热流背景，同时,木里、江仓、热水盆地下伏煤层氧化热作为附加热源，均对冻土温度、厚度产生巨大的影响，这方面还需要做进一步研究。
