由于气候的恶化以及人类过流的开垦，放牧，使森林、灌丛退化、森林向破碎化方向发展，过渡的干扰和森林面积的缩小，使野生动物栖息地被破坏，导致一些野生动植物种群数量下降，这就意味着祁连山森林生物多样性下降。
祁连山区已发现的高等植物种类共1044种，乔木48种，灌木145种，草本936种，按其用途可分为饲用植物、药用植物、农用植物、纤维植物和观赏植物等。随着祁连山中降雨量由东向西逐步减少，植物水平分布也呈现东段种类较多，往西植物种类逐渐减少，植被类型结构单一的状况。
动物种群数量也有相似的分布规律，东祁连山地区有鸟类169种，西祁连山地区有鸟类34种。调查显示，祁连山马蹄林区1976年分布有马麝3371只，蓝马鸡2757只，密度每平方公里5.18只。到20世纪90年代，这两种动物在该地很难见到。
过渡放牧区，使优良牧草生长受到抑制，有毒植物大量生长，由1985年的3%~5%增加到1997年的25%。 专家认为，生物多样性的变化，也会通过多种途径影响人类健康，人类的健康本身可作为生态系统健康的反映。由于自然环境恶化，降雨量稀少。祁连山区和河西走廊人畜饮水困难，不得不饮用超矿化度的地下水或长时间积蓄的雨水，引发多种消化系统疾病和其它并发症。我国西部地区和东部地区相比较，消化系统疾病死亡率西部地区比东部地区高出约3.5个百分点。
