资料显示，祁连山有林地面积从50年代初到70年代末，减少21.69万公顷，疏林和灌木减少了20万公顷。1989年建立祁连山自然保护区以前，祁连山森林面积呈不断下降趋势；祁连山森林面积从新中国成立初期到1980年，30%的灌木林已经退化。林地面积的减少使森林资源总生产力下降。
1980年，国家正式将祁连山森林划为水源涵养林，经过20多年的有效保护，实现了森林面积和蓄积的双增长，森林生态系统功能得到恢复。
但是，目前祁连山中许多老龄林，陡坡地段林区，特别是降雨量小、气候干燥的祁连山西段和低海拔林区林木，均表现出叶色发黄早落，生长衰退的迹象，林木蓄积和生长率明显低于中幼龄林、缓坡、东段、中海拔林木。
森林生态系统活力下降的直接后果，是森林低御灾害的能力下降，生物多样性受到威胁。
一般来讲，森林灾害分为自然灾害和人为破坏两大类。自然灾害主要有森林病虫鼠害，森林雨雪灾，森林风灾，森林火灾等。
因为森林活力下降，森林雨雪等灾害已经给祁连山的林木带来了巨大损失。在天祝县的夏玛林区，森林雨雪灾已经成为该区最严重的一种自然灾害，造成的损失巨大。1992年5月16日~18日连续60小时降雨，使森林遭受重大损失。1998年5月14日晚11时至15日下午4时，林区普降大雨雪，使林区积雪普遍达到40厘米~50厘米，局部地区甚至达到60厘米，林区内有的树被积雪压弯，有的被折断梢头，有时被拦腰压折，有的甚至被连根拔起，整个林内梢头遍地，树杆横布，一片狼藉，惨不忍睹，当地老人讲：“树木这样遭受灾害，自记事儿以来从未见过。”
祁连山森林
祁连山森林
祁连山森林
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