由于祁连山森林地处欧亚大陆腹地，远离海洋，成条块状镶嵌分布于广袤草原荒漠之中，祁连山森林被干旱荒漠、半荒漠、草地、沙漠和盐碱荒地所包围。因而祁连山水源涵养林是河西地区生态系统的主体。森林生态系统在河西的绿洲、戈壁沙漠、森林三个不同的生态系统中起着决定性的平衡作用。如果没有山地森林涵养水源、保护冰川、调接气候与供水，内陆河流就会枯竭，绿洲就难以存在，风沙就会逼近。
林牧矛盾成为祁连山管理部门头痛的问题，目前，祁连山国家级自然保护区内有人口60万左右，牲畜数百万只。由于牲畜过多导致放牧过渡，祁连山中的许多草场超载严重，大面积退化，牧民不得不将牲畜赶到更深的山林中放牧，林牧矛盾由此产生。
祁连山国家级保护区管护所属的22个自然保护站，主要是看护好森林，防止偷伐树木，防止偷猎国家野生动物，而草原不在自然保护站的管理范围之内。祁连山中草原和森林的现状是，森林草原相互交错，绝大部分地方阴坡是森林阳坡是草原，人们很难将二者截然区分开。正是这些原因导致祁连山中的林牧矛盾日益突出。从生态系统整体而言，祁连山中森林和草原是一个完整的生态体系，人为地割裂开来，势必带来不利的后果。
祁连山森林
祁连山森林
祁连山森林
祁连山森林
