首先应明确“环境”的概念。从大环境来说，青藏高原面积122万平方公里，而修建铁路所影响的范围最多仅在线路两侧各500米内，青藏铁路全线也不过1000平方公里，而且呈线状分布，可以说修建青藏铁路不会对整个青藏高原的大环境产生影响；从小环境来说，修建这样的大型工程，肯定会在工地范围内，对当地局部环境造成一定程度的影响。铁一院从一开始设计青藏铁路，就已经把维护生态和环境保护作为一条必须遵循的重要原则。因此，青藏铁路大部分是沿青藏公路走行，基本上没有新开辟通道，而且设计方案中还采取了一系列专门的环境保护措施，这就把对高原生态的扰动降到了最低程度。从长远看，青藏铁路的修建，不但不会破坏环境，反而对青藏高原大环境的保护具有积极的促进作用。
　　其次，西藏缺乏煤炭资源，人均产煤量只有6公斤，通过青藏公路运进区内的煤炭成本非常高，每吨达600多元，而在西宁，这一价格仅为160~200元。昂贵的煤价，造成了能源结构的极度不合理。目前农、牧区的主要生活能源为木材和畜粪，在线路所经的藏北地区，居民主要靠砍伐坡地生长的爬地松作燃料，而低矮的爬地松往往需要几十年的生长期，这对当地脆弱的生态环境产生了不可低估的破坏作用。铁路的建设，可以将西北地区丰富的煤炭、石油资源通过经济、便捷的通道运进西藏，满足西藏对能源的需求，从而为西藏改变能源结构、制止盲目砍伐森林草场、保护生态环境作出积极贡献，具有极其深远的意义。
　　同时，青藏铁路投入运营后，必然会成为旅游及进出藏物资运输的主要方式，分流目前青藏公路庞大的运输车队，从而起到减少汽车尾气排放，进一步改善青藏高原大气质量的积极作用。
　　另一方面，铁路的修建将直接拉动青藏两省区经济的发展，加速城镇化和产业化的步伐，促进产业结构的进一步调整，这将使很大一部分牧民转变为工业、建筑业和其他行业人群，从而大大降低了草原和植被的负荷，既保护了生态，又实现了可持续发展，可以说是一举两得。