铁路经过地区生态环境极为脆弱，一经扰动、破坏,难以恢复，工程设计中要充分体现“预防为主，保护优先”的原则。
设计人员在设计中要有高度的环保意识，处处体现爱护高原的生态环境，爱护沿线的一草一木，爱护沿线的野生动物，保护沿线的湿地、冻土环境、水土资源和水质。
线路在经过可可西里自然保护区和三江源楚玛尔河、索加野生动物核心保护区时，应做多方案比选，尽量减少对保护区的切割及对重要生存环境的影响。
线路在通过湖泊、湿地等环境敏感地带时，尽量采取绕避或进行路桥比选。根据沿线野生动物种群分布特征、种群交换情况、栖息地、繁殖地等状况，设置野生动物通道。
设计中应加强土石方的调配力度，进行充分的移挖作填，减少取土场的设置和弃土弃渣量。
为了保护沿线的生态环境、自然景观等，工程取土应采取分段集中取土的原则，取土场应选择在路堤上侧200m以远、植被稀疏的山包、丘包、融区、河滩及少冰、多冰地带设置。
沿线分布的沼泽型、湖泊型、河床型等湿地不仅具有涵养水源的特殊生态功能，而且也是部分野生动物生息繁衍的栖息地，工程取弃土场应避开该类湿地，以保护其特殊生态功能。
线路在漫流区或大面积湿地分布地段通过时，应采取以桥带路、加大桥涵密度等措施,避免切割、阻挡地表、地下径流的排泄。
工程建筑物根据所处的地形条件和水文特征进行合理布设，不得采取强行改变地表径流方向或改沟、改河。
在野生动物迁移通道上，不应设置取弃土场等大型临时工程，避免阻断野生动物迁移路线。
在多年冻土区，对工程挖方段和取土场的草甸植被应采取分割划块产起，移植于适当的地方培植，以备利用。将取土场表层的熟土在取土前推置一旁集中堆放，待取土完毕后覆盖平铺，以便尽快恢复其生产力。路基工程的坡面、两侧等积极采取有效的、可行的植被恢复方案，严禁挖取其他地方的草皮用于路基工程防护。
对隧道出渣加强了调配，尽量减少渣场的设置，对不能利用的选择地势低洼、无地表径流、植被稀疏的地方堆置，不得侵占河道、湖泊、湿地、自然保护区的缓冲区和核心区及高寒植被发育的草地资源，弃渣完毕后对其进行防护。
合理规划、设计施工便道及便道宽度，并要求各种机械和车辆固定行车路线。不能随意下道行驶或另开辟便道，以保证周围地表和植被不受破坏。
线路纵向便道充分利用既有路基和既有青藏公路；线路横向便道以少布点、拉大间距为原则，并避开环境敏感地区。
