为了让草原与雪山交织的高原充满绿色和生机，铁路建设者倾注了许多鲜血和汗水。中铁一局用火车从陕西、山西等地专门运来整车厢的黄土，将土覆盖在营区周围，种上了树木和花草。
正如曾培炎主任所说：“在这里，野生动物是主人，我们是客人，我们要借道而过。”对于穿越可可西里等自然保护区的铁路线，在工程设计中，尽可能地采取了绕避的方案；同时，根据沿线野生动物的生活习性、迁徙规律等，青藏铁路还在格尔木至唐古拉山一带设置了25条野生动物通道，并适当调整施工及取土的地点和时间，以保障它们的正常生活、迁徙和繁衍。这种做法，在我国交通史上还是第一次。眼下正是国家濒危一级保护动物藏羚羊迁徙产仔之际，６月20日，在可可西里保护区施工的青藏铁路参建单位中铁十二局和十四局暂停施工四天为藏羚羊让道。民工和施工机械撤离工地，同时拔掉让藏羚羊警觉和恐惧的彩旗。由于工地暂时恢复了宁静，目前已有500多只藏羚羊通过施工工地，前往可可西里卓乃湖一带完成一年一度延续种群的使命。
